みどりの窓口（みどりのまどぐち）とは、主にJRグループの旅客鉄道各社が設置・営業する乗車券類発売所（出札所）の内、マルス端末が設置され、JRグループ旅客全社の鉄道線乗車券類（乗車券・特急券・指定券など）やJRバス（一部路線を除く）の座席指定制路線の乗車券・指定券などを総合的に発券できる発売所である。窓口形式でない発売所も多い。
店舗方式のみどりの窓口（JR西日本・茨木駅）
オープンカウンター形式のみどりの窓口（JR北海道・岩見沢駅）
クローズカウンター形式のみどりの窓口（JR東日本・津軽新城駅）
マルス端末が設置された日本国有鉄道の発売所システム・ネットワークを継承する形で、JRの主な駅と国鉄から転換したJR以外の一部鉄道各社（北近畿タンゴ鉄道・土佐くろしお鉄道）に設置されている。日本の一部大手旅行会社・空港旅客ターミナル・バスターミナル・港のフェリーターミナルなどにも設置されている。ブランドとシステムを継承しているだけで、みどりの窓口の標示はロゴマークを除き、各社に違いがある。「みどりの窓口」は東日本旅客鉄道（JR東日本）の登録商標（日本第3116438号）であり、東海旅客鉄道（JR東海）ではみどりの窓口であってもその名称を強調せず「JR全線きっぷうりば」[1]などとする。
駅務室に窓を設けただけの小さなものから、ターミナル駅の大規模な窓口までその形態は様々である。乗降人員の少ない駅では、窓口専任の係員を配置せずに有人改札の係員が窓口業務を兼務している。
また、1988年3月12日までは座席指定券類の他に青函連絡船による自動車航送予約も引き受けていた。その際、航送当日に桟橋窓口に車検証を持参し、乗船名簿の記入が必要だった。
「みどりの窓口」という名称の由来は、この窓口で発券される切符の地紋が常備券の赤や青に対して、淡い緑色をしていたことによると言われている[2]。その後1990年代後半からは水色の地紋に代わっており、偽造防止を兼ねて濃い水色の帯と「JR」マークのホログラムを施している。
1960年代まで東海道新幹線や特急列車など優等列車の指定券や寝台券は列車ごとの台帳で管理され、空席照会や予約に際しては窓口から台帳の保有駅や統括する乗車券センターへ電話連絡していた。この方式では指定券の発行に1 - 2時間待ちと言う状況に陥る事があったり、同一座席の重複販売（ダブルブッキング）をしてしまう事があった。
上記の問題を解決するとともに、指定券の手配をオンライン方式に切り替える事を目的として、1965年10月1日実施のダイヤ改正に合わせて同日に始発駅を発車する列車から販売を開始するために、同年9月24日から日本全国の主要152駅と日本交通公社（現・JTB）の83か所の営業所に開設された。
その後も、マルスの能力向上に連動して、設置駅の拡大や他の大手旅行会社へも接続が行われ、2011年時点では大都市近郊のほとんどの駅や大手旅行会社の窓口に広がっている。
国鉄時代は、駅出札窓口の中でも（原則どおり）指定席専用取扱窓口のみを「みどりの窓口」と称することが多く、他の自由席・定期券等取扱窓口は単に「きっぷうりば」「国鉄全線窓口」と呼ばれることも多かった。
JR化以後は、合理化のため各駅の窓口減少や、サービス向上のためのマルス端末増設（旧型印刷発行機からの置き換えや、常備・硬券取扱いからの移行も関係する）の影響もあり、指定席取扱窓口と自由席のみ取扱窓口の併設駅は僅少となっている。主要駅で、マルス端末とPOS端末（基本は自由席専用で、多客時のみに営業する場合が多い）を併設する場合も、オープンカウンター式のみどりの窓口に内包（同一窓口、別窓口などは各駅によって異なる）されているケースが多い。また、マルス端末での取扱券種もかなり拡大し、指定券に限らず乗車券・自由席特急券・急行券・定期券・イベント券・航空券等も発売している状況である。したがって、国鉄時代のように（複数窓口設置駅で）「指定席取扱窓口（みどりの窓口）」「自由席窓口」と区別する必要はかなり薄れてきているのが現状である。
市販の時刻表の索引地図にはみどりの窓口設置駅が表示されている。
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